事業を行っていれば、いずれは税務調査がやってくるものです。
落ち着いて対応するように心がけましょう。
【税理士の立会】
税務調査の立会いには税理士の立会が不可欠です。
税務署による適正な課税がなされるかどうかチェックするする人がいないと、一方的な課税や本来納税義務がない課税など、調査官の誘導による過大な課税リスクがあるからです。
調査官といっても、しょせん公務員だからそんな無茶なことはしないだろうと考える納税者もいるようですが、調査官は「課税漏れがないかを厳しく指摘する職務」の遂行上、過度な課税を納税に強いる傾向があります。
税務署内に調査官が過度な課税が行っていないかチェックする部署もありますが、納税者が調査官の誘導により修正申告に同意すればそのチェックもほとんど機能しません。
そうなると、調査官が、「あれはダメ、これもダメ」と調査現場で指摘する問題点が、そのまま追徴税額の計算に組み入れられてしまいます。
したがって、調査官の指摘が正しいかどうかを逆に厳しくチェックして、真に修正申告に応じる必要があるのかどうか評価する専門家の立会が必要となるわけです。
貴社は、確定申告書だけをお願いしている方がいるようですが、その方が税理士資格を持っていれば問題はありませんが、税理士資格を持たずに税務申告書を作成すると税理士法に抵触（違法な状態）する恐れがありますので、そのような状況は改善しなければなりません。
その方が税理士資格を持っていれば、その税理士に立会を依頼するべきでしょう。
税務調査の立会を専門に行っている他の税理士に依頼することも、選択肢の一つとして考慮されてはいかがでしょう。
【準備】
税務署から、準備しておくべき書類等の指示があると思います。
一般に、総勘定元帳、請求書や領収書類、棚卸原票、その他売上、仕入の計上根拠となった原始的な資料などは提示を求められます。
また、会社の概況を説明する際に必要な会社全体の「組織図」や社員の「座席表」なども必要に応じて提出します。
調査対象として、業務用メールやエクセルなどで集計・管理した業務データも調査対象なので、パソコン内も見られることになります。
税務調査でパソコン内のメールはチェックされる？
≪税務調査に対応する専門チーム≫
国税の職員として税務調査に長年従事し、「税務署」だけではなく「国税局」の調査担当部局において高度な税務調査を行ってきた我々ＯＢ税理士チームは、税務調査のあらゆるパターンを経験しているため、個別の事案の特性を素早く理解し、国税当局に対する的確な対応が可能です。
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調査官が指摘する問題点について、正確な事実関係を一から洗い出し、その事実を基に理論（法）的な武装をすることにより国税当局との交渉が可能になります。
税務調査の立会いに専門性が求められるのは、国税当局に対し事案に応じた主張すべきポイントを的確に見出し、妥協せずしっかり主張しなければならないからです。
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