領収書のコピーしか渡してくれない社員がいます・・・税務調査は大丈夫でしょうか？

税務署は、領収書の原本が添付されていないことに相当な不審感を抱くでしょう。
その領収書の出所が営業部長であると知ったらなおさらです。営業部は外部との接触が多く、何かと得意先の御用聞きや社内の予算統制の締め付けの中で利益調整を行う動機が生じやすい部署なので税務署もその経費にはことさらに注意を払うものです。

おそらく、領収書の原本は別のところで経費になっているのでしょう。領収書（原本）を得意先や知人、自己の副業に回付してる（不正加担）か、もともと別の会社等が支払った領収書のコピーを入手して立替え請求しているか（横領）か・・・いずれにせよ不正計算に利用されているのは間違いないでしょう。

あなたの立場で言いづらければ、経理部長や総務人事部長など、あなたが所属する部署の責任者を通じて厳しく是正を求めるべきです。会社にとって重要な問題です。税務調査が入れば、コピーの領収書はすべて否認され、重加算税が賦課されるものと覚悟してください。