税務調査が入るのに領収書の一部が見当たらない・・・

製造会社の総務・経理の部署に勤務しています。 約２週間後に弊社に税務調査が入るのですが、その際、領収証の確認はされるのでしょうか？ 先日、調査が入るということで３、４年前の領収証を確認したら何枚か領収証がありませんでした。これは指摘されてしまうのでしょうか？一応、補助簿でその支出内容は確認できます。

領収書がないからといってすぐにその支出が否認されるものではありません。

領収書がなくてもその支出内容が妥当（時期や金額など）なものであればその支出は認められます。間接的な資料でその支出を証明できるものがあればより説得力があります。お尋ねのケースでは、補助簿で支出が確認できるので、支出内容をきちんと説明できれば特に問題となることはないと考えられます。反対に領収書はあっても、その支出内容に不審点があれば、その支出は突っ込んだ調査がなされることになります。

税務調査は、特に脱税や不正計算を疑われていなくても、定期的に行われるものです。あまり心配せず、落ち着いた対応を心がけてください。