適格組織再編成に該当すれば資産等に関する譲渡損益の繰延べ特例は強制的に適用される？

適格要件を充足し、適格組織再編成に該当する以上、強制的に譲渡損益の繰延べ特例が適用されることとなります。

○　適格組織再編成に係る譲渡損益の認識の繰延べについて

組織再編に伴い資産が移転する場合、組織再編とはいえ別法人に資産が移転する以上、原則的にはそれにより生じる譲渡損益について課税されることとなります。しかし、その組織再編が「適格組織再編成」に該当すれば、それにより移転する資産の譲渡損益については、課税を繰り延べる措置が適用されます。基本的な考え方は、移転資産に対する支配が組織再編後も継続していると認められる場合（＝適格組織再編成）には、課税関係上も継続性を保ち移転資産の譲渡損益に対する課税を留保することとしたものです。

そして、その組織再編成が適格組織再編成に該当するか否かは、各組織再編の類型ごとに定められた「適格要件」を満たしているか否かにより判断されることとなります。

○　譲渡損益の繰延べ特例の適用について

なお、適格組織再編成に係る譲渡損益の繰延べという課税の特例については、納税者の意思により選択適用できるのではなく、適格要件を満たす限り、当該課税の特例が強制的に適用されます。
したがって、例えば、非適格の組織再編成として移転資産に係る譲渡損を計上したものの、税務調査により適格要件を満たしているとの事実認定がなされた場合、当該譲渡損の損金算入は否認されることとなります。すなわち、適格要件を充足するとの事実認定が当該譲渡損を否認する更正理由となるわけです。