会社が所有する含み損のある土地を株主Ｂに譲渡する行為は租税回避行為？

同族会社の行為又は計算で、これを容認した場合には法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものについては、その行為を税務上否認されることがあります（法法132）。これは、まさに租税回避行為を包括的に否認する規定です。この規定が適用されるか否かは個々のケースで検証されることとなります。

お尋ねのケーについては、適正な価格で譲渡するなら問題は生じないものと考えます。

仮にそれが法人Ｘの譲渡損を創出することが目的であったとしても、土地の売買という単純な取引によるもので、正当な経済行為によりそれが実現されている以上、それを租税回避行為とみて不当に法人税の負担を軽減させていると認定するのは困難だと思料するからです。
ご質問のケースでは、その目的の如何によって譲渡取引という正当な経済行為が否認されることはないと考えられます。

ただし、いずれＹから買い戻すことを前提に売却されたなど、そもそもＹへ譲渡行為が正当に成り立っていないあるいは仮装取引であると認定されるような場合は、それにより生じる売却損は行為計算否認に依らずして否認されることとなります。