二世帯住宅のローンを母の名義で組むのは節税になりますか？

まず、お母様の名義でローンを組んでその返済をあなたがするのであれば、その返済金そのものがお母様への贈与となります。また、その場合、家はお母様の名義になると思いますが、お母様が亡くなられたときにその住宅自体が相続財産として課税対象となります。これは節税対策にはなりません。

一方、お母様がローンを組んでお母様がご自身の預金から返済すると相続税対策になります。
相続税法の評価として、現金や借金はそのままの額が評価額ですが、建物は実勢価額の6，7割の評価額となりますので、例えば3000万の家をローンで買ったとすれば
ローンの額（3000万円）−家の評価額（約2100万円）＝約900万円の相続財産（評価額）が減るとなります。その900万円に相続税率を掛けた金額が節税額となります。
ローンの返済とともにローンの額は減っていきますが、その分同額のお母様の現金預金が減っていくので、約900万円の評価減という結果は変わりません。
ローンをご長男夫婦が返済されるのであれば、名義はご長男夫婦でいいと思います。逆にローンの返済者と家の名義人が異なれば冒頭で述べたように贈与の問題が生じます。