海外取引の消費税　税理士のミスが税務調査により発覚

海外取引に関連して消費税の還付が発生したようですね。質問の内容だけでは非違の内容はわかりませんが、法人税の課税範囲とは異なり、消費税は国内取引のみが課税対象となりますので、国内完結的な極めてシンプルな性質のものといえます。ただし取引の内外判定、輸出免税取引、輸入消費税の取扱いを誤れば、消費税の追徴課税がなされることとなります。

ご質問のケースにおける追徴課税の責任の所在は一概にはいえませんが、貴社の税理士への説明誤りや説明不足がない限り、税理士の責任は重いものと考えます。

現行法では、過大申告に係る更正の請求は法定申告期限から５年間行うことが出来ます。まず、出来得る限りの還付請求を優先して行い、税理士との話し合いは、瑕疵責任が双方においてどの程度あるかを吟味しながら進めていく必要があると考えます。

【回顧録】初めての税務調査で生まれて初めて指摘した消費税の可否判定誤り

私が人生で初めて税務調査を担当したのが港湾荷役作業を行う法人に対する調査でした。その会社は、輸出許可を受けた外国貨物を船内に荷積みする業務において、荷主から受け取る報酬は輸出免税取引（＝消費税の対象外）として適正に処理していたのも関わらず、その業務に係る下請費用（外注費）を課税仕入れに計上していた(注)のに気付いてしまい、多額の消費税の追徴税額を行いました。消費税の仕入税額控除の否認ですね。

(注)　下請業者においても同様に外国貨物に対する役務提供であるため、調査法人に対する役務提供は輸出免税取引となり消費税がかからないため、本来、調査法人は仕入税額控除はできない