顧客からの依頼により輸出のインボイスの金額を過少に記載している

弊社は貿易を行う法人です。 海外へ商品を輸出する際、通常、ＩＮＶＯＩＣＥ（送り状）の記載金額は相手先との取引価格そのものを記載しますが、たまに先方（海外の会社）からの依頼により、ＩＮＶＯＩＣＥに「ノーコマーシャルバリュー」と記入し、金額も少額で記載して送付する場合があります。 しかし、実際には、ＩＮＶＯＩＣＥ金額と違う金額（本当の取引価格）の送金がなされます。 これは、先方の関税払いを安く（またはゼロ）にするためのことなのでしょうか？ 仮に税務調査が入ったら、弊社は国税にから追徴課税を受けることになりますか？

インボイスを正当額のよるものとアンダーバリュー額（過少額）によるもの両方を作成しているのですかね？

正規の合意金額による入金を担保するためにはリスクのある行為です。

おそらく、相手先は、輸出先で関税を過少に申告する為にアンダーバリューのインボイスの発行を求めてくるのでしょう。本邦の税務調査においては、当該アンダーバリューのインボイスを作成したこと自体は過少申告行為に該当しないため、正規の取引価格を売り上げに計上している限りにおいては、それにより貴社に対する追徴税は生じることにはなりません。

ただ、調査官によっては、その事実関係を相手国に通報する手続き（自発的情報提供）を採ることも考えられます。そうすると国税庁を通じて相手国の税務当局にその事実が情報として提供され、現地の税務当局（関税担当機関）の課税資料として活用されます。
もっとも、現地の関税調査（事後調査）が行われれば、インボイス・バリューと帳簿上の仕入価格（輸入価額）との間に金額の乖離があることになるのでこちら（日本）からの情報が無くても否認されることも十分に想定されます。