親会社の税務調査で子会社の帳簿書類はどこまで見られる？

お尋ねのケースでは、調査対象は、あくまで親会社です。

ただし、親子間で取引があり、資金の流れが密接な場合、子会社との取引をきちんと解明する調査上の必要性が生じます。
親子間取引はコントロールしやすい取引であるため、租税回避に利用される可能性があるからです。
まず、基本的なところでは双方の処理に整合性があるかをまず確認します。売上-仕入れ関係であれば、双方の計上「金額」、計上「時期」の整合性などです。この場合、子会社の処理も同時に確認しなくてはならないため、子会社の帳簿の調査も必要になります。その他、貸付金利息や出向人件費の問題なども検討されるでしょう。ただ、子会社の帳簿を調査するということは、子会社といっても親会社とは別法人ですから、本来的には「反面調査」に該当します。そこは親会社の協力により関係書類として子会社の帳簿も一括提示しているのでしょう。