税務署にはさまざまな取引資料が蓄積されています。署内の資料収集の担当課から回付された資料を机上で照合した結果、収入の計上漏れが把握されたのだと思われます。
関連記事 税務署の「資料せん」というのは・・・？
窓口で指導といったのは、正式な調査の手続きを済ませていないからです。国税通則法の規則にしたがって事前連絡をし日程を決めて税務調査をしますといえば正式な税務調査になります。
ただ、行政指導の段階で修正申告の提出がなされた場合は税務調査による場合と違って、過少申告加算税が賦課されませんので、調査に移行する前に修正申告に応じる方がその分得だと考えることもできます。
我が国では、自主申告制度が採用されています。
自主申告制度というのは、どんな申告を出しても自由という制度です。ただし、もし当局がその申告に疑問を抱けば問い合わせや調査をすることになります。
納税者は、税務署から問い合わせがあった場合、自らの申告に対して、それが税法に則った適法な申告である事を説明する義務があります。
その説明に対して、それが適法な申告ではないことを調査官が立証すれば、修正申告を要請したり、場合によっては更正通知により強制的に税金を追徴します。
いまは、あなたの説明を求められている段階ですから、証拠を持参し、自らの申告が間違いのないことを証明する必要があるということです。
今回のケースでは、あなたの説明を確認した上で過少申告加算税のかからない自発的な修正申告を要請するつもりと思われます。
税務署が、ピンポイントの売上の計上漏れと想定してところ、あなたの説明を聞くことにより、もっと大きな問題があると判断した場合は、正式に税務調査になる可能性もゼロではありません。
【参照】国税庁HPより
調査は、特定の納税者の方の課税標準等又は税額等を認定する目的で、質問検査等を行い申告内容を確認するものですが、税務当局では、税務調査のほかに、行政指導の一環として、例えば、提出された申告書に計算誤り、転記誤り、記載漏れ及び法令の適用誤り等の誤りがあるのではないかと思われる場合に、納税者の方に対して自発的な見直しを要請した上で、必要に応じて修正申告書の自発的な提出を要請する場合があります。このような行政指導に基づき、納税者の方が自主的に修正申告書を提出された場合には、延滞税は納付していただく場合がありますが、過少申告加算税は賦課されません（当初申告が期限後申告の場合は、無申告加算税が原則5％賦課されます。）。
なお、税務署の担当者は、納税者の方に調査又は行政指導を行う際には、具体的な手続に入る前に、いずれに当たるのかを納税者の方に明示することとしています。
行政指導・・どこから税務調査？
