税務署は売上が多い会社に調査に入るのですか？

税務署が調査に入る会社を選ぶ基準はさまざまですが、定期的な調査（通常３～５年程度）として調査先が選ばれるのがほとんどです。
その他、特別な情報（通報や税務職員が収集した情報）を解明するためにその情報の対象会社が選ばれることも有ります。また、年度ごとに重点調査業種が設定されていますのでそれに該当する業種も選ばれる可能性が高くなります。
売上規模の多寡も多少は考慮に入ります。やはりおっしゃる通り好況な会社は脱税動機も働きやすく、税務調査の効果（指摘金額が大きい）が期待できるからです。ただ、売上が少ない会社に税務調査が入らないことはありません。