税務署の調査はどこからの密告に基づいて行われるもの？

税務調査は基本的には定期的な接触を目的に行われるのがほとんどです。すなわち、特に不正計算や脱税をしているというような情報が無くても、定期的に（通常３～５年程度おき）調査を行うものです。新設法人は、設立して５年くらいの間に調査が行われるのが一般的です。もちろん、なにがしかの情報をもとに調査が行われる場合もありますが。

不正計算をしていないのであれば特に心配することはありません。税理士もいらっしゃるようですので落ち着いて調査に臨めばいいと思います。