税務署の調査で領収書は精査される？

税務署の調査について質問です。 会社で経理を担当しています。来月に税務署の調査が入るので書類などを整理しています。売上や仕入れは掛取引なので銀行口座決済されますが、小口の経費がたくさんあります。現金出納帳は毎月きっちり残高も合わせてありますが、正直、領収書やレシート類を何も考えずにノートにペタペタと貼っているだけで整然となっていません。日付が前後しているものもあります。恐らく調査官からすれば見にくいかな・・・と思います。 こういったレシート類も１枚１枚確認されるのでしょうか。 また、こういったファイリングのまずさは何らかのペナルティがあるのでしょうか？

基本的に経費（販管費）の調査は後回しにされます。

税務調査の初心者（調査官）は、経費から見る傾向がありますが、ベテラン調査官は、売上と原価をまずは重点的に攻めてきます。

とはいえ、現金で支出される費用（現金決済取引）も基本的に調査項目として優先される事項です。担当の調査官に不審感を与えないよう、たとえ問題がある費用であったとしても、堂々と説明しましょう。調査官は、会社の説明する態度も観察していますからね。

ファイリングが日付順になってないからと言って問題にはならないです。ペナルティはありません。

例えば、その支出年月日が期末辺りであり、その経費の帰属年度を怪しまれている場合（先上げ計上など）、ファイリングの順序をその判断要素として評価する場合もありますが・・