税務署から電話が・・・１～２時間で終わる調査って何？

恐らく「反面調査」が行われるのだと思われます

あなたご自身の調査ならば1～2時間では終わりません。
あなたの取引先に調査が入り、あなたとの取引に関する経理処理について何らかの不信感が調査官に持たれたのでしょう。そこで、取引先（あなたの会社）に直接出向いて、その取引先の経理処理との整合性や取引内容の確認などを行うことになったのではないでしょうか。
このように調査官が調査先の取引先に出向いて取引内容等を確認することを「反面調査」と呼んでいます。反面調査ならば1～2時間で終わるケースが多いと言えます。