税務署から調査の事前通知が・・・調査官が来る前に修正申告を提出したほうがよいか？

税務調査が開始されるまでに修正申告を提出すれば、自主修正扱いとなり加算税が免除されることとなります。
延滞税の計算期間も法定納期限から1年間しか計算されません。特に重加算税対象の申告漏れがあることを認識しているのであれば、積極的に修正申告書を提出することにより、35％の重加算税が免除され、本来の納期限から追加納付を行う日まで計算される延滞税がかなり軽減されますので、自主修正申告による効果は大きくなります。

ただ、税務署の調査担当官からすれば、せっかくの手柄をあげる機会が失われるのでがっかりするでしょう。そこのところもケアして、税理士と一緒に税務署に出署し、調査担当官の上司である統括官に「税務調査に備えて見直しを行ったところ、過少に申告していたことが判明したので、急いで修正申告を作成しました。よろしくお願い致します。」などと一言添えて修正申告書を提出すればいいのではないかと思います。
その後の調査がそれにより角が立たずに幾分かスムーズになると思われます。税務署も提出の意思を示した修正申告書を受け付けないわけにはいきませんから。