国税局から照会文書・・どうしたらいい？

これは、その会社の税務調査が行われており、交際費等に計上された飲食費の真偽を確認するための照会文書だと思います。おそらく照会文書を百通単位で飲食店にばらまいているものだと思われます。

飲食費については一人当たり5,000円以下の場合は交際費にしなくてもよいという規定があります。

交際費に該当すれば、費用として計上するのに一定の制限が加えられるため、節税のためになるべく交際費として処理したくないのが会社の理論です。
そんな理由より、会社によっては営業マンに交際費の予算枠を設定します。そうなると営業マンもなるべく交際費に該当する支出を抑えようとします。

例えば得意先と２人で12,000円の飲食をした場合、一人当たり＠6,000円となり、このままでは＠5,000円を超過しているため交際費に該当します。
そこで店の人に３人で来たことにしてくれと依頼し、領収書に「但し・・・飲食代３人分として」などと書いてもらうのです。そうすればその領収書では一人当たり＠4,000円となり交際費以外の科目（会議費等）で落とせることとなり、節税ができるということです。

これはれっきとした不正計算であり、国税局はこれを想定して怪しい領収書をピックアップしその飲食店に照会文書をばらまくのです。

とまれ、ご質問者は、ことの事実関係を正直に国税局に回答すべきだと思います。不正加担になりますが、お客さんに頼まれたら断れない立場を国税局も理解してくれるはずです。