国税局から上席調査官が来るとの連絡が・・・

常識的には、国税の職員が会社に訪問する以上、その目的をきちんと告げるはずですが。非常に違和感を感じます。

また、国税局の職員に「上席調査官」という官職はありません。これは税務署の職員の官職です。国税局では上席調査官＝調査官（又は実査官、査察官）となります。

一般に国税局の調査は資本金が１億円以上の法人を対象に「調査部」という部署が行います。資本金１億円未満でも大口不正が見込まれる案件は「査察部」、「課税部（資料調査課）」が調査を実施することがあります。

他には、取引会社との関係で、国税局が反面調査に来る可能性もあります。

きちんと相手の身元を確認した上で対応してください。新手の詐欺かもしれません。