出張ばかりの個人事業主の税務調査について

納税者は税務調査を受ける義務があることは、ご理解されていると思います。
税務調査の対象になれば、納税者はたとえ多忙であってもある程度の犠牲を払ってでも時間を割いてそれに立会わなくてはなりません。調査の日程はある程度、納税者の都合に合わせてくれるものです。何とか都合をつけて協力するべきでしょう。

税務の代理権限者（税理士）を指定すれば、その税理士がある程度は調査対応してくれるでしょうが、ご質問の場合、税務処理はご自身でなさっているようですので調査官のヒアリングにはやはりご自身が対応せざるを得ないものと思われます。

残念ながら交通費の支給や日当の補償はしてもらえません。