オーナー会社ですが、社長の個人的な費用を会社が払っています・・・

貴社が支払っているといっても会計的にどのような処理をしたかが問題です。
立替金や代表者貸付金、あるいは代表者借入金の減額などで処理しているのか、それとも単純に費用として処理しているのか・・・？

費用として処理しているのであれば、請求明細を見て個人的費用であることが明白であれば問題化するでしょう。明白ではなくても不審に思えばかなり追及されるでしょう。オーナー企業への調査においては、調査官は個人的費用の付け込みを念頭に置いて調査をするものですから。

ただ、それ以前に売上除外など、もっと大きな問題が把握されれば、それで調査が終る可能性もあります。限られた日数で調査をしますから、調査項目の優先順位があります。大きな問題が把握されればその証拠を固めるのに時間がかかりますので、そのような場合は後順位の項目についてある程度の積み残しもやむなく出てくることもままあります。

社長の自宅まで調査に行くことは、基本的にはありませんが、例えば自宅の改修費が会社の経費になっていた場合など、その現場を確認するために自宅に行くようなことも考えられます。
また、相当悪質な脱税行を行っていると判断された場合は、自宅に保存する書類なども確認されることもあります。会社と個人との金銭の動きを確認するために社長や奥さんの個人の通帳は見られる可能性はあります。

税務署に個人的経費の付け込みが把握された場合は、一般的に「経費」を否認され「役員賞与」として認定されるため法人税と源泉徴収税が否認されることとなります。いわゆるダブルパンチですね・・・。