これって反面調査でしょうか？協力しなければならない？

個人事業主です。 先日、税務署から連絡があり、税務調査上、必要があるため、特定の取引先に関する元帳、取引明細、請求書、領収書等につき確認させてほしいということでした。 取り引き先に調査が入り、その関係でうちに確認しに来るのかなと思うのですが… その場合、要求のあった資料の提出は任意ですか強制ですか？

おっしゃる通り、取引先に税務調査が入り、その「反面調査」として貴社に調査官がやって来るのだと思われます。
取引先の調査の中で貴社との取引に何らかの不審感をもった調査官がその取引が正しいかどうか取引相手先である貴社のところに裏をとりに来るわけです。

やましいことがなければきちんと協力すべきでしょう。任意ですが受忍義務はありますので（半強制的です。）。見られるとまずい取引があるなら税理士に相談してください。案外税務上問題ないかもしれません。明らかに不正加担しているのであれば、あきらめた方が得策です。調査官にきちんとその取引の経緯を説明すべきです。調査官が反面調査を実施するまで不審に思っている取引です。そうそう不正を隠し通せるものではありません。貴社の過少申告として認定される危険もあります。