従業員が確定申告していれば、会社の源泉徴収義務違反は免除される？

当社では、過去において源泉徴収義務をすっかり放棄しております。 ただし、従業員は各自確定申告をして、自分の税金はきちんと納めています。仮に当社に税務調査が入った場合、過去の年度の源泉徴収の不納付分についても課税されるのでしょうか？確定申告により清算されていたら問題は無いようにも思えるのですが。

給与を支払う者（会社）には、従業員に給与を支払った時、所得税の源泉徴収義務が発生します。
前年分まで、給与所得者（従業員）本人が確定申告をしていれば、税務署の判断により過年分の源泉所得税については処分をせず、当年分の源泉所得税のみ課税する可能性もあります。

ただし、原則的（法的）には、源泉徴収義務者（貴社）に対し過年度分まで遡って課税します。
源泉徴収義務者が、給与所得者（従業員）に源泉徴収漏れ課税分を加味した源泉徴収票を新たに交付すれば、給与所得者はそれをもとに過去の確定申告済みの年度分に対する更正の請求を行うことにより還付金を得ることができます。会社がその還付金を返還請求することにより追徴課税された源泉税が戻るとなります。

源泉徴収漏れについては、不納付加算税が併課されることとなります。