交通費（非課税分）を含めた金額で源泉徴収していた・・・

源泉所得税の納期の特例を選択されているようですね。

おっしゃるとおり、会社に通勤するための実費相当部分である通勤費には、所得税を課さない（非課税扱い）扱いになっています。

お尋ねの内容では、1月～11月分の源泉徴収額を誤って非課税交通費も含めた金額で各従業員から徴収しており、1～6月分についてはすでにその過大に徴収した源泉所得税を納付してしまっているということですね。その過大徴収額は、年末調整で精算すれば結構です。あえて今更1～6月分の源泉徴収額につき過誤納還付請求をする必要もありますまい。手間が増えるだけです。各従業員の年間の所得税額を非課税交通費を差し引いた収入をもとに算定し、その確定税額と11月までに徴収した源泉税の過不足額を12月分で清算することとなります。