マイカーで通勤している従業員に支給する通勤手当の非課税限度額について

役員や使用人に通常の給与に加算して支給する通勤手当は、一定の限度額まで非課税となっています。
マイカーなどで通勤している人の非課税となる1か月当たりの限度額は、片道の通勤距離（通勤経路に沿った長さです。）に応じて、次のように定められています。（平成26年4月1日以後に支払われるべき通勤手当）

・　2キロメートル未満    (全額課税)
・　2キロメートル以上10キロメートル未満    4,200円
・　10キロメートル以上15キロメートル未満    7,100円
・　15キロメートル以上25キロメートル未満    12,900円
・　25キロメートル以上35キロメートル未満    18,700円
・　35キロメートル以上45キロメートル未満    24,400円
・　45キロメートル以上55キロメートル未満    28,000円
・　55キロメートル以上    31,600円

1か月当たりの非課税となる限度額を超えて通勤手当を支給する場合には、超える部分の金額が給与として課税されます。
この超える部分の金額は、通勤手当を支給した月の給与の額に上乗せして所得税及び復興特別所得税の源泉徴収を行います。

また、平成26年４月１日以後に支払われるべきマイカー・自転車通勤者の通勤手当について所得税法施行令の一部改正が行われ、１か月当たりの非課税限度額が引き上げられました。
(所法9、所令20の2)

国税庁ＨＰ　https://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2585.htm　参照