税抜金額を税込額として会計ソフトに入力してしまった・・・

私は、会社の経理を担当しています。 会計ソフトの入力に関してですが、消費税額を「税込」か「税抜」のどちらを採用するか選択するようになっているところ、私は全くそれに気づかず、「税込」に設定していたにもかかわらず、税抜の売上高を入力していたことが判明しました。つまり、税込108円の売上げを税込100円として、売上高を低く入力していたことになります。この状態が2年間継続しており、どのように対処したらよいのか途方に暮れています。どうしたら良いでしょうか？

ご質問の内容に疑問点があります。

「税込」を選択されていたということですので、本来、（借方）売掛金　108　（貸方）売上　108　となるところ、売上を100で計上してしまい、（借方）売掛金　100　（貸方）売上　100　と処理していたことになります。そうすると、実際の入金額（108）と売掛金（100）が一致しません、すなわち資金回収時に消費税分の貸借不一致が生じます。無理やり帳簿に合わせると簿外の売上回収金８が発生します。税務調査でいう売上除外ですね。いずれにしてもこの状態が２年継続していた理由が気になります。通常ありえないことです。

善後策としては、法人税及び消費税の正確な課税標準と税額等を再計算して、「修正申告」あるいは「更正の請求」を行うことです。前期までの誤りをきれいにリセットしたうえで当期の会計－税務処理を進めていくべきでしょう。