代物弁済した場合の消費税の取扱い

会社の経理担当者をしています。 得意先から貸与されている専用端末機を営業の担当者が損壊してしまいました。 同機種の端末機を弊社が購入し、それを代替品とすることで合意に至りました。 このように得意先に補償金を払う代わりに代替品を用意した場合の処理はどうなりますか？ 補償金は消費税はかからないと思うのですが、そのあたりがよくわかりません？ また、新規に購入した端末機は弊社にあるので弊社の資産ではないことを証明する何らかの書類が必要でしょうか。

おっしゃる通り補償費は、消費税の対象外（不課税）取引となりますが、いったん端末機を購入して、その端末機自体を補償として得意先に献上したという事実に基づいて改正処理がなされます。
具体的には、以下のようになります。

端末機の価格を1,000、消費税率8％とした場合

(借方)　端末機　1,000、仮払消費税　80　／　(貸方)　普通預金　1,080

(借方)　補償費（雑損）　1,000　／　(貸方)　端末機　1,000

それまでの経過が確認できる社内資料があれば、特別の証明書は必要ありません。そのような証明書はそもそも存在しないはずです。例えば、得意先の端末機の損壊を代替品を購入することにより補償する旨の上申書（社内稟議書）などで足りると思われます。