粉飾決算の是正・・・・実体のない未成工事支出金が５０００万円に・・・・

経営審査の為の粉飾は多いです。
税務署は粉飾決算を一番嫌がります。なぜなら所得が過大に申告されているので、それを正しい姿に更正すると還付（減額更正）になるからです。
もっとも仮装経理（＝粉飾決算）に基づく確定申告については、その後の事業年度においてその仮装経理した事実を修正経理した確定申告書を提出するまで税務署長は当該仮装による過大申告額を更正をしない ことが出来ます（法法 129）。
具体的な修正経理とは、過去に計上した過大に計上した利益相当額を損益計算書の特別損失に「過年度損益修正損」として明示する事です。この取扱いは、過年度の仮装経理を修正した事実を明確に表示することを義務付けることで粉飾決算 を防止し、真実の経理の公開を確保しようという趣旨によるものです。
税務上は、この「過年度損益修正損」は別表四で加算・留保つまり自己否認します。

そのうえで税務署長に更正請求書や職権による減額更正の嘆願書や上申書を提出することになります。

このように、その是正は非常に厄介です。
1年で是正するのは困難な場合、何年間に分けて是正することも検討すべきでしょう。
是正するには相応の体力が必要です。