過少申告加算税の計算について

加算税の対象は、新たに納めることとなる税金についてとなります。

したがって、ご質問のケースでは１万円ということになります。

ただし、算出された加算税額が5,000円未満であれば、少額不徴収（免除）となります。
ご質問のケースでは、10,000円×10％＝1,000円　＜　5,000円　となるので、実際には過少申告加算税はかかりません。