廃材の売却代金の計上漏れ・・・重加算税かかる？

基本的に「知らなかった（不知（ふち））」は、税務上の救済の要因になりません。

厳しいことを申し上げますが、会社の業務に関連して生じた収入は、その会社の収入になるのは常識です。それを個人の所得として申告していたなら話は別ですが、その収入を誰の所得にも計上しないのは常識的に考えて、ただ収入の計上を除外しているとしか見られません。

廃材の売却収入の計上漏れは、よくある否認パターンであり、売上除外（雑収入除外）として重加算税が課されるのが一般的です。同じような類型の過少申告（ごまかし行為）については、同じようなペナルティを課すこともある意味「課税の公平」ということになります。