青色申告の個人事業主ですが、推計課税がなされることがありますか？

 小売店や飲食店のような現金商売を行っており、レジスターのレシートのロール（ジャーナル・ペーパー）を保管しているようですね。

税務署の調査官は、現金商売を行っている納税者へ調査を実施する場合には、調査着手前に内観調査を行います。内観調査とは、実際にその店舗に客として訪れ、店の規模や客の入店状況（何人くらいの客が入っているか）、従業員は何人いるか、レジスターがあるか否か、支払い時にレジスターを打っているかなどについて確認します。

ご質問の内容からすれば、レジスターは置いてあるものの、レジスターを通さない入金もあり、それが内観調査で税務署に把握されているのかもしれません。そうであれば、あなたの事業の売上はレジスターのレシートのロールに記載された金額だけではなく、レジスターを通さない入金があり、それが売上の計上漏れ（売上除外）となっていると疑われているのでしょう。

その売上除外の程度が酷ければ、税務署は、青色申告者でも青色申告の承認を取り消した上で（白色申告に認定することと同じ意味）推計課税を実施することになります。（注）

（注）税務署は青色申告者には推計課税を行うことはできません。