現金出納簿を紛失してしまいました・・青色申告は取り消されますか？

総勘定元帳（現金勘定）があればそれで入出金の明細が確認できるので大丈夫です。

仮に、調査官から現金出納簿は？と言われたら正直に紛失した旨、伝えればそれで結構です。

税理士にはあらかじめ紛失した旨を伝えたほうがいいでしょう。

青色承認申請の取消し原因となる次項として、法律的には以下の４点を挙げています（法法127(1)）

(1) 　帳簿書類の備付け、記録又は保存が行われていないこと

(2)　 帳簿書類について提示を拒否すること

(3) 　帳簿書類に取引を隠蔽し又は仮装して記載し又は記録し、その他その記載又は記録をした事項の全体についてその真実性を疑うに足りる相当の理由があること　

(4) 　確定申告書をその提出期限までに提出しなかったこと

ただし、実務上は上記の事項が行われた場合、自動的に取り消されるのではなく、例えば、推計課税をせざるを得ない程度に帳簿書類の保存がなされていないとか、帳簿書類の提示拒否をした場合などごく限られたケースについて、当局もやむなく青色承認の取消処分をすることとなります。

ご質問のケースでは、条文上は上記(1)の取り消し理由に該当するようにも見れますが、実務上はその程度の悪意のないミスで青色承認が取り消されることはありません。