祖父が私名義の預金をした場合

まず、あなたの祖父があなたの名義の預金に入金した行為について、それが贈与に該当するのか、それとも借名で預金しただけで実質的にはその預金は祖父ご自身の預金となるのか・・・その資金の税務上の帰属の判定をする必要があります。
簡単にいうと、その預金は誰のものかをまず考える必要があるということです。ご質問の内容からは、贈与した認識が当事者間にあり、処分権もあなたに付与されているようですので、贈与（契約）は成立しているものと考えられます。

そうすると、祖父があなた名義の預金へ入金する都度、贈与が生じていることになるので、暦年ベースで贈与の額が110万円を超過する場合、贈与税の申告納付をする必要があります。

祖父からあなたへの資金の移転は完結（贈与の成立）していますので、相続開始時の預金残高も会社への貸付金もあなたの債権となりますので、祖父の相続財産には該当しません。
ただし、あなたが祖父の法定相続人に該当し、祖父の相続開始前３年以内に贈与を受けた資金は、生前贈与加算分として相続税の課税対象となります。