住宅の資金を親から借りると税務署から返済状況など追跡調査すると言われました・・・

住宅資金の取得資金を父母や祖父母など直系尊属からの贈与をうけた場合、一定の金額につき贈与税が非課税となる特例がありますが、それはここでは関係ないものとしてお答えします。

親から住宅取得資金などある程度まとまった資金が移転した場合、税務署は一義的には贈与があったものとして課税関係を考えますが、当事者から事情を聞いてみると実は親からお金を借りていたということであれば、税務署はその事実関係を尊重し、贈与税は生じないものとして扱います。
ただし、この場合、税務署の立場で言うと、言葉は悪いですが、「贈与税は免除するが、その代わり、本当に金銭の貸し借りの関係（金銭消費貸借契約の締結）があり、その借入金を実際に返済しているのかなどを折に触れて確認する」ということとなります。

追跡調査は、数年後に税務署に呼び出され、金銭消費契約書と弁済の事実が確認できる資料（返済口座の預金通帳、現金払いの場合は領収書（受取り証））などを持参するよう指示があるものと思われます。