経理担当となり会社に「裏帳簿」がることを知ってしまった・・・

責任が問われることはないとは言い切れません。

会社が裏帳簿を作るなどして脱税行為をしていた場合、税務調査によりそれが発覚すれば、その会社は追徴税を賦課されます。これには法人税や消費税の過少申告分だけではなく、重加算税や延滞税といったペナルティとなる附帯税も含まれます。このようなペナルティとして附帯税が課されるのは一種の行政罰です。この行政罰に個人的な責任が問われることはありません。

ただ、その脱税規模が大規模であったり、よほど悪質であった場合、行政罰だけではなく、反社会的行為を働いたことに対する刑事責任を問われることがあります。いわゆるマルサ（国税局・査察部）の案件です。この場合、脱税の首謀者たる経営者が一義的な責任を負いますが、それに加担した使用人の責任が問われることは皆無とは言い切れません。「裏帳簿」を作っているとは組織的な脱税行為を行っており、下手をすると本当にマルサが入ることも想定されます。お立場はあるでしょうが、犯罪行為に加担するようなことはやめておくべきです。