取引先からの不正加担の依頼・・・

取引先（外注先）の部長から、請求書は２通に分割して発行させてほしいとの依頼がありました。 取引額の一部を別の会社名で請求書を発行するので、指定するその別会社名義の口座に代金を振り込むように指示されています。 外注先とはいえ、当社はその会社への技術的な依存度が高く、無下に断ることはできません・・・。 コンプライアンス上の問題が生じないか心配です。

相手の会社が脱税を意図しているか、取引先の部長が私的に横領を企てている可能性がありますね。

この場合、あなたが相手方の不正の意思を知りながら申出に協力したとすれば、脱税幇助などを問われるおそれがあります。
コンプライアンスの問題と取引先との関係の維持との兼ね合いでどの程度申し出を容認するのかは、悩ましいところだと思料します。法務部があればその部署も入れて対応を諮るのが良いでしょう。

企業の社会的責任を全うすることも信用上、大切なことです。