出入国する際に１００万円以上の現金を携帯する場合、税関に申告しなくてはいけないのはなぜ？

１００万円相当額を超える現金・小切手等を携帯して、外国に持ち出す又は外国から持ち込む場合には、税関に「支払手段等の携帯輸出・輸入申告書」の提出が必要です。

次のものの合計額が１００万円相当額を超える場合が該当します。

・ 現金（本邦通貨、外国通貨）

・ 小切手

・ トラベラーズ・チェック、旅行小切手

・ 約束手形

・ 有価証券（株券、国債等）

◎ 金の地金（純度 90％以上）の重量が１ｋｇを超える場合も申告義務があります。

この制度は、国内で得た不正資金（脱税や薬物売買・武器取引・違法ギャンブル・詐欺・汚職・贈収賄等の犯罪行為など）を国内で表に出すと税務署や警察に気づかれてしまうので、日本の主権の及ばない外国に手持ちで持ち出してその資金を使おうとするもの、あるいはその逆で外国で得た不正資金をその国の主権の及ばない日本で使おうとする場合など、いわゆる資金洗浄（マネーロンダリング）を取り締まるための制度です。
それ自体に税金がかかることはありません。あくまで不正資金の流出入を監視するための情報収集です。