会社の給料水増しを通報すれば税務署は調査してくれますか？

恐らく税務署はすぐに動くと思われます。

税務署は税務調査の事績を上級庁（国税局課税部）に定期的に報告します。そして、調査事績が芳しければその税務署は高く評価されます。調査事績は、調査件数、指摘金額の大きさ、不正発見割合（重加算税を賦課した割合）などにより評価されます。

収益の「除外」や費用の「架空」・「水増し」計上は典型的な重加算税対象項目に該当するので、それらの事実を知らせる通報は税務署にとってなによりも貴重な情報といえます。
したがって、あたなが「当社では水増し給与と水増し外注費が計上されています。」と通報すれば、重加算税ネタを常に探している税務署にとってはありがたい情報になるわけです。

税務署は、「通報があった」ということはそもそも口外しません。

できれば具体的な水増しの方法と実際の正当な支給額の算定の仕方など具体的な情報を提供すれば、調査官もうまく動けるはずです。