税務署から電話で質問を受けた後、「必要なら修正申告を提出してください」と言われました・・・

先日、税務署の担当者から電話で申告書の内容に関して２、３質問を受け、何点か記載誤りがあるのでは？と言われました。そして問題がないか再度確認して、必要ならば修正申告書を提出するよう連絡を受けましたが、これは調査なのでしょうか。それにより修正申告書を提出した場合、加算税や延滞税はかかりますか？

税務署に提出された申告書は、基本的に毎年その内容が適正であるかどうかを職員が処理（チェック）しています。

この処理には、(1)実地調査（＝税務調査）と(2)調査省略の２種類があります。

(1)の場合は会社に調査官が出向いて帳簿などを調査することとなりますが、(2)の場合、明らかな転記誤りなどがない限り申告書の内容のチェックだけで済むことになります。ここで明らかな転記誤りなどがあれば、電話で納税者に対し、「再度検討して間違っていると判断される場合は修正申告を提出してください。」という連絡を入れます。

ご質問の場合はこのパターンだと思われます。これは、行政指導の一環として行われるもので、転記誤りの他には、例えば、計算誤り、記載漏れ及び法令の適用誤り等の誤りがあるのではないかと思われる場合に、納税者の方に対して自発的な見直しを要請した上で、必要に応じて修正申告書の自発的な提出を要請するというものです。

このような行政指導に基づき、納税者の方が自主的に修正申告書を提出された場合には、延滞税は納付する必要がありますが、過少申告加算税は賦課されません（当初申告が期限後申告の場合は、無申告加算税が原則5％賦課されます。）。

なお、税務署の担当者は、納税者に調査又は行政指導を行う際には、具体的な手続に入る前に、いずれに当たるのかを納税者に明示することとされています。