税務署の個人課税部門から確定申告についての通知が・・

市役所と税務署は、相互に課税情報を交換してるから、市役所にした申告の情報が回付され、税務署の申告も必要あると判断したのでしょう。

確定申告は税務署から申告書が届いたらするものでなく、ご自身で申告が必要かどうかを判断するものです。
そのうえで必要と判断されるなら、申告用紙を入手し、所得と税額を計算し、申告・納付をするものです。

確定申告書の用紙が届かなかったことは、確定申告を期限までにしなかった理由にはならず、無申告加算税や延滞税の賦課対象となります。