社長と特定社員の昼食費を会議費として会社が負担している・・・

毎日のように特定の役員と社員が昼食をとり、その昼食代を会議費として処理するのは問題があります。
会議するのがたまたま昼食時で昼食を兼ねて会議をしているということになるかもしれませんが、昼食は会議の有無にかかわらずとるべきもので、当然、個人の負担によるべきものです。

たまに昼食を兼ねて会議というのも当然あるでしょうが、それが経常的に、しかも特定の役員と社員により行われるとなると、本来個人が負担すべき昼食費を会社が負担しているという側面が強くなります。

そうなると、その会社が負担した昼食費は、現物給与として社長とその社員について所得税が課税されることとなり、会社としては源泉徴収義務が生じます。
この場合、会社が処理した勘定科目に関係なく、税務上は「給与」として扱われます。
なお、社長に対する現物給与は役員賞与として損金不算入として扱われます。
結果、法人税と過少申告加算税、源泉所得税と不納付加算税、さらに延滞税が課税されることとなります。