法人の益金、損金の認識基準について・・・現金主義は認められない？

法人税法上の所得を算定するうえで、益金及び損金は、税法に特段の定めがない限り一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されることとなります。
そして、企業会計原則は、損益計算書原則一Ａにおいて

「すべての費用及び収益は、その支出及び収入に基づいて計上し、その発生した期間に正しく割当てられるように処理しなければならない。ただし、未実現収益は、原則として、当期の損益計算に計上してはならない。」

と規定し、費用及び収益の認識につき、発生主義を採用していると一般的に解釈されます。このため、法人の会計・税務においてもそれに従った発生主義が適用されます。

例えば、期中に棚卸資産の引渡しがなされた取引については、たとえ期末までに入金されていなくても売上として認識する必要があるということとなります。その計上がなければ、売上計上漏れとして税務署に指摘されることとなります。

過年度の法人税の申告について遡及して是正する場合、修正申告又は更正の請求ということとなりますが、金額的に数十万円程度の差異であれば、当年度で一気に是正すれば、結果的に過年度分も治癒しますので、そのあたりは割り切って対処すればよいかと思います。