社印を押していない源泉徴収票って確定申告で使えるの？

まず、所得税法上では、源泉徴収票については、特に社印を押さなければならない等の規定はありませんので、社印がなくても問題はありません。確定申告の際も問題なく使えます。

ただ、税務署の実務では、手書きの源泉徴収票であれば、発行会社の社印の押印しているものの提出を求めることも有り得るでしょう。少なくとも、印刷されたものについては電算処理された信ぴょう性のある源泉徴収票とみなされ、社印がなくても問題となることはありません。