株式の譲渡所得の算定において取得費を売却価額の５％としてよいか？

ご質問のとおりの理解で差し支えありません。譲渡した株式の実際の取得費が譲渡価額の５％に満たない場合は、「取得費」を５％として譲渡所得を算定することができます。

〇　株式の譲渡により生じる譲渡所得について

株式等を譲渡（売却）した場合の「譲渡所得」の金額は、「譲渡価額（売却金額）」から「取得費（取得価額）」と「売却手数料等」を差し引いて計算します。

「譲渡所得」＝「譲渡価額（売却金額）」-「取得費（取得価額）」-「売却手数料等」

そして、相続により株式を取得した場合における「取得費」は、被相続人の「取得費」を引き継ぐこととなります

〇　「取得費」が分からない場合などの取り扱い

譲渡した株式等が相続したものであるとか、購入した時期が古いなどのため取得費が分からない場合には、同一銘柄の株式等ごとに、取得費の額を売却代金の5％相当額とすることも認められます。実際の取得費が売却代金の5％相当額を下回る場合にも、同様に認められます。 
例えば、ある銘柄の株式等を300万円で譲渡した場合に取得費が不明なときは、売却代金の5％相当額である15万円を取得費とすることができます。 

【参考】　平成13年9月30日以前に取得した上場株式等の取得費の特例について
平成13年9月30日以前に取得した上場株式等で一定のものを、平成15年1月1日から平成22年12月31日までに譲渡した場合には、その上場株式等の平成13年10月1日における終値の80パーセント相当額を取得費とすることができます。 

（注）この特例は、平成22年度税制改正により、適用期限（平成22年12月31日までの譲渡）の到来をもって廃止されました。

（所法33、48、57の4、60、所令84、105、109～113、118、167の7、措法29の2、37の10、平成22改正前措法37の11の2、平22改正法附則62、措令19の3、措通37の10-9の3、37の10-10、37の10-14）