年末調整と確定申告について（確定申告が必要なケース）

おっしゃる通り、年末調整を会社が行えば、基本的に確定申告は行う必要はありません。
しかし、年末調整では控除できない項目があります。
年末調整で申控除できない項目として
１．雑損控除（災害又は盗難若しくは横領によって、資産について損害を受けた場合等）
２．医療費控除
３．寄付控除
４．住宅ローン控除（初回のみ）
５．外国税額控除
が挙げられます。これらの項目を控除する場合は、確定申告が必要になりますが、あくまで任意であり義務ではありません。
ただ、給与所得者であっても次のいずれかに当てはまる人は、原則として確定申告をしなければならないことになります（義務）。
1 . 給与の年間収入金額が2,000万円を超える人
2 . 1か所から給与の支払を受けている人で、給与所得及び退職所得以外の所得の金額の合計額が20万円を超える人
3 . 2か所以上から給与の支払を受けている人で、主たる給与以外の給与の収入金額と給与所得及び退職所得以外の所得の金額の合計額が20万円を超える人
(注)給与所得の収入金額から、雑損控除、医療費控除、寄附金控除、基礎控除以外の各所得控除の合計額を差し引いた金額が150万円以下で、給与所得及び退職所得以外の所得の金額の合計額が20万円以下の人は、申告の必要はありません。

4 . 同族会社の役員などで、その同族会社から貸付金の利子や資産の賃貸料などを受け取っている人
5 . 災害減免法により源泉徴収の猶予などを受けている人
6 . 源泉徴収義務のない者から給与等の支払を受けている人
7 . 退職所得について正規の方法で税額を計算した場合に、その税額が源泉徴収された金額よりも多くなる人