事業用の預金口座を作らず金銭の出入りはすべて事業主勘定で処理している・・・

結論的には問題はないと言わざるを得ません。少なくとも、収支計算をする上では問題はありません。

ただし、事業用の現金や預金を私生活分と区分して持っておかないと（少なくとも預金は・・）、公私の資金が混同され、業務管理がむしろ困難になるような気がします？税務調査が行われた場合もいたずらに個人預金が見られることになります。理想は、やはり事業用の現金出納帳を作成し、事業用の預金口座を別に開設するべきでしょう。

ちなみに青色申告者は、原則として正規の簿記の原則（一般的には複式簿記）により記帳を行わなければなりませんが、簡易帳簿で記帳してもよいことになっています。標準的な簡易帳簿の種類は次のとおりです。
　現金出納帳、売掛帳、買掛帳、経費帳、固定資産台帳