マルサ以外に国税局が行う調査はあるの？

国税局所轄の会社でも「調査部」が行う調査は、令状による強制調査ではなく任意調査に該当します。
また税務署所轄の会社でも国税局の「資料調査課」による調査が行われることもあります。
国税局の「査察部（マルサ）」の行う調査はご質問にある通り、裁判所の令状を得て行う強制調査になります。

○　税務署：任意調査

○　国税局：以下のとおり

• 査察部　脱税容疑者に対する強制調査
• 調査部　資本金１億円以上の法人を対象とした任意調査
• 資料調査課　不正計算が想定される納税者に対する任意調査

任意調査は任意といえども受忍義務がありますので、それを拒否することはできません。また、任意調査は当局に令状がないので、強制的に書類が押収されることはありません。