領収書がない経費・・・税務調査、大丈夫？

税務調査についての質問です。 資本金2億円、売り上げは200億円ほどの製造業です。 先日、税務調査の予告の連絡があり、現在、資料の確認をしています。 資料を整理していたら、現金取引について領収書のないものがいくつかありました。 金額は大きいもので数万円ほど、領収書が無い金額の合計額は10万円程度です。。 会社は掛売上、掛仕入れがほどんどで現金取引はほとんどありません。 そこで質問ですが、税務調査では現金出納は細かくチェックされるのでしょうか？

貴社の場合、資本金が2億円という事であり、税務調査の所轄が税務署ではなく国税局の「調査部」という部署が担当することとなります。

税務署と国税局（調査部）との違いは、国税局の調査の方が隅から隅までしっかり調査されるという点が挙げられます。また、国税局の調査官は税務に精通しているので、少しの矛盾や法律の適用の誤り、書類の評価（有無も含む）も事細かに審査します。

取引規模が大きくなれば、会計データをすべて調査用パソコンに落とし込み、例えば、10万円以上といった一定額以上の経費の請求書・領収書をすべて提示するよう指示されたりすることが想定されます。その上でひとつひとつ支出内容のヒアリングが行われることとなります。領収書がない場合、ない理由の説明を求められることになります。合理的な説明をできないと基本的には否認されることになると思われます。ただ、全体の事業規模からすれば、数万円の領収書が数枚見当たらないからといって、目くじらをたてて追及されることはなく、指導で終わる可能性が高いと考えられます。（調査部の調査では、否認金額が数百万円程度に満たない場合、指導で終わることが多いといえます。）