大規模法人の調査・・・すべての領収書などがチェックされる？

法人の税務調査について教えてください。 本社が東京で、全都道府県に支店を持つ大企業に勤めています。近々本社に税務調査が入るようです。 このような会社でも、税務調査では一枚ずつ全部の領収書、請求書をチェックして元帳と照合するのでしょうか？ 全国各支店に調査官が派遣され、調査が行われるのでしょうか？ 合併や本店移転により、一部の領収書が行方不明になっており、大変不安です。

国税局の調査部所管法人（資本金１億円以上の法人）に該当すると思われます。

調査部の調査は短くても1ヶ月、長いと半年程度の期間にわたって行われます。
会社の規模が大きいので、いちいち全ての領収書を付け合せをするような調査はしません。例えば、会計データを加工し特定の勘定科目のうち50万円以上の経費を抽出して調査対象にするなど、ある程度ポイントを絞って調査を進めます。
また、支店の調査についてですが、支店の調査を行なうことも実際ありますが、一斉ということはありません。重要と思われる支店に後日臨場してやはりポイントを絞ってピンポイントで調査する程度です。
領収書は行方不明になってしまったものは仕方がありません。領収書が無くても他の方法で証明できたり、客観的にみて合理的であれば全額否認されることはないでしょう。