領収書の金額を間違えました。差し替えてもらったほうがいいですか？

会計上、処理された金額と領収書に記載されている金額が一致しなくなるわけですから、なるべくなら差し替えたほうが良いでしょう。
貴社の税務調査でその領収書（控）が見られたら、収入の過少計上を疑われるかもしれません。

相手先から領収書を回収すれば、その回収した領収書に貼付している印紙については、税務署へ過誤納金還付申請することによりその印紙代を還付してもらえます（消印をしていても）。

【印紙税の過誤納金還付申請制度】

　契約書や領収証などの印紙税の課税文書に誤って過大に収入印紙を貼り付けてしまったような場合には、印紙税の過誤納金として還付の対象となる場合があります。

【還付の対象となるもの】

(1)　請負契約書や領収書などの印紙税の課税文書に貼り付けた収入印紙が過大となっているもの

(2)　委任契約書などの印紙税の課税文書に該当しない文書を印紙税の課税文書と誤認して収入印紙を貼り付けてしまったもの

(3)　印紙税の課税文書の用紙に収入印紙を貼り付けたものの、使用する見込みのなくなったもの

なお、収入印紙は、印紙税の納付のみでなく、登録免許税や国への手数料の納付などにも使用されています。したがって、例えば、登録免許税や特許手数料を納付するために収入印紙を貼り付けたような場合には、たとえ誤って貼り付けたものであっても印紙税法による還付の対象とはなりません。
　印紙税法による還付を受ける場合には、税務署に用意してある「印紙税過誤納確認申請書」に必要事項を記入のうえ、納税地の税務署長に提出することとなります。